医院污水的水质特点是含有大量的病原体──病菌、病毒和寄生虫卵。如结核病医院污水，每升可检出结核杆菌几十万至几百万个。医院污水还含有消毒剂、药剂、试剂等多种化学物质。利用放射性同位素医疗手段的医院的污水还含有放射性物质。医院污水的水量与医院的性质、规模及所在地区的气候等因素有关，按每张病床计一般为每天200～1000升。

医院污水处理常采用生化法，同生活污水处理的工艺一样。

医院污水经过生化处理处理后必须进行消毒，即杀灭病原体。常用的方法是二氧化氯消毒或用臭氧消毒（同生活污水的消毒、废水氧化处理法一样）。

设有放射设施的医院排出的放射性废水应先用贮存衰减法处理后再同其他废水一起进行处理。医院常用的放射性同位素如131碘,32磷,198金，24钠等是半衰期较短的同位素，因此可以将放射性污水贮存于地下专用衰变水池内,贮存时间为10倍于半衰期,把放射性浓度降到容许排放的程度。如果放射性污水的浓度很低，水量很小，也可用稀释法处理。我国的《放射性防护规定》要求每一微居里放射性同位素达到容许排放浓度需稀释水量1.67比3。当放射性污水浓度很高,放射性的半衰期很长，不宜用贮存法和稀释法处理时，可用蒸发法、离子交换法或凝聚沉淀法进行分离浓缩处理（见放射性废水处理）。

医院污水处理过程中排出的污泥按每张病床计，每天平均为0.7～1升，含水95％，含有污水中病原体总量的70～80％，必须进行消毒处理。消毒方法有加热消毒、化学药剂消毒、γ射线消毒等。加热消毒的热源通常为蒸汽、电能或生物能（高温堆肥），有的地区可以用太阳能。或者用焚烧法处理（见污泥焚烧）。化学药剂消毒可用二氧化氯、漂白粉、石灰、氨水、液氯或苛性钠等。用二氧化氯或液氯时,有效氯用量约为污泥量的2.5％。用碱性药剂时，污泥的pH值达到12后，保持半小时以上，效果最好。γ射线消毒可用60钴或一些裂变产物的混合物作辐射源，辐射剂量为20～30万伦琴。用此法对污泥消毒不产生臭气，并可改善污泥的脱水和沉降性，但费用较高。